В 2010 году Правительством Ярославской области создано АО ЯГК в рамках выполнения Федерального закона № 261 «Об энергосбережении и повышении энергетической эффективности» и реализации директивных указаний Президента и Правительства Российской Федерации на необходимость повышения энергоэффективности отечественной экономики, а также исполнения мероприятий целевого использования инноваций в развитии мощностей энергетики, региональной целевой программы «Энергосбережение в Ярославской области на 2008-2009 годы и на период до 2015 года» (постановление Администрации Ярославской области №395-а от 12.09.2007 с изменениями и дополнениями), являющейся пилотным вариантом федеральной целевой программы в сфере энергоэффективности «Комплексная малая энергетика».

Акционерное общество «Малая комплексная энергетика» создано 15 апреля 2011 года (свидетельство о государственной регистрации: серия 76 № 002685057 от 15 апреля 2011 года) на основании решения единственного учредителя АО ЯГК от 01 апреля 2011 года для реализации проекта реконструкции котельных в г. Углич и г. Мышкин на базе установки GTK 195. Финансирование предполагало схему использования возвратного лизинга, то есть продажи введенных в эксплуатацию объектов лизинговой компании («Газпромбанк Лизинг») и последующего заключения договора лизинга на оборудование и объекты недвижимости котельных ЦРБ г. Углич и г. Мышкин.

До ноября 2018 года единственным акционером Общества было акционерное общество «Ярославская генерирующая компания» В 2018 году была проведена дополнительная эмиссия акций на сумму 201 990 тыс. руб. Оплата акций полностью произведена имуществом Ярославской области. Отчет об итогах выпуска ценных бумаг зарегистрирован Отделением по Орловской области ГУ ЦБ РФ по ЦФО 26.12.2018.

По состоянию на 18.03.2020 уставный капитал оплачен полностью и составляет 359 990 000 рублей и состоит из 35 990 штук обыкновенных акций, номинальной стоимостью 10 000 рублей каждая. Акционерами АО «МКЭ» являются: Ярославская область в лице Департамента имущественных и земельных отношений Ярославской области с долей от размещенных обыкновенных акций АО «МКЭ» – 56,11%; Акционерное общество «Ярославская генерирующая компания» с долей от размещенных обыкновенных акций АО «МКЭ» – 43,89%